Систематизация в зависимости от хранимого историко-культурного и природного наследия в основном употребляется музееведами. Она затрагивает наиболее глубинные, генетические различия и особенности музеев.

Коллекционные музеи - музеи, основой деятельности которых являются собрания движимых материальных предметов. Исторически это наиболее древний тип музея. На протяжении 18-начала 20 вв. он безраздельно господствовал в музейном мире России.

В зависимости от состава коллекций эта группа музеев делится на профильные группы.

Ансамблевые музеи — музеи, деятельность которых базируется в первую очередь на ансамблях недвижимых памятников архитектуры, истории, природы. Внутри группы выделяются виды музеев:

В настоящее время отчетливо прослеживается тенденция трансформации целого ряда А.м. в средовые музеи.

Средовые музеи, музейные учреждения, деятельность которых базируется в первую очередь на музеефицированных фрагментах природной и историко-культурной среды. Основную роль играют сохраненные или восстановленные взаимосвязи между элементами среды и элементы нематериального наследия. В настоящее время в сторону средового музея эволюционируют многие музеи-заповедники, музеи-усадьбы, музеи-монастыри.

Значительное число музеев совмещают признаки 2-х, а иногда и всех 3-х групп. Ансамблевые и средовые музеи практически всегда комплектуют коллекции движимых памятников, а коллекционные часто располагают зданиями и даже территориями. Многие музеи сегодня работают с объектами нематериального наследия. Однако для большинства музеев тот или иной тип хранимого наследия является определяющим. Так, перевод Музея истории религии в Санкт-Петербурге из Казанского собора в другое здание не изменил суть этого коллекционного музея. А Музей фресок Дионисия даже без коллекций останется самим собою, если будет сохранен и доступен для осмотра Ферапонтов монастырь и собор Рождества Богородицы с росписями великого Дионисия.