Муниципальные музеи находятся в управлении местной администрации; обычно тесно связаны с местным сообществом, которое активно участвует в их комплектовании и просветительской деятельности. Появление этой группы музеев связано с законодательным закреплением новой для страны формы собственности — муниципальной (1992).

Количество таких музеев за последние годы значительно выросло, как за счет переподчинения государственных и общественных музеев, так и благодаря созданию новых. В основном муниципальные музеи сегодня являются моделью провинциального негосударственного музея, который выполняет свойственные ему функции по собиранию, хранению и презентации коллекций. Среди интересных примеров — Кисловодский историко-краеведческий музей "Крепость", Музейно-культурный центр г. Нягань Ханты-Мансийского АО и др.