В 1992 при музее было создано хозрасчетное предприятие "Кавминводский научно-исследовательский филиал Ставропольского центра "Великий шелковый путь", которое работало до 1997 и выполняло археологические, этнографические исследования, инвентаризацию историко-культурных объектов и т.п.

С 1997 организуются региональные краеведческие конференции образовательных учреждений Кавминвод. В 1992-1996 на базе музея проведено 2 международных, 1 всероссийская, 2 региональных конференции, издано 3 научных сборника. В 1994 впервые на Кавминводах проводилась крупная российская конференция по археологии Северного Кавказа "Крупновские чтения". В 2000 и 2002 прошли XXI и XXII "Крупновские чтения", состоялся ряд юбилейных региональных конференций. Музей принимал участие в издании ряда сборников по материалам конференций.

Продолжаются собственные и совместные археологические исследования музея. Особенно важны раскопки на комплексе "Горное эхо", где созданы предварительные условия для создания музея под открытым небом.

В последние годы значительно повысилась квалификация сотрудников. В научно-исследовательскую деятельность стали вовлекаться все научные сотрудники. Результаты разработок публикуются в периодических и в научных изданиях. С 2001 музей участвует в конкурсах проектов Института "Открытое общество", РГНФ и других.