Причины:

- 2 сентября 2004 г. Федеральное агентство по управлению федеральным имуществом издало Распоряжение № 297-р. В соответствии с ним Костромской епархии РПЦ (Московский патриархат) должны быть переданы большая часть зданий и сооружений Ипатьевского монастыря, но о том, какие помещения должны быть предоставлены музею для вывода коллекций (около 400 тыс. единиц хранения), для реализации всех видов музейной деятельности, в Распоряжении не говорится ни слова. Реализация указанного Распоряжения уже началась.

- Увольнение генерального директора музея-заповедника Рыжовой Ольги Александровны за ее отказ отозвать Заявление из Арбитражного суда г. Москвы об обжаловании Распоряжения №297-р. О.А. Рыжову вынудили написать заявление по собственному желанию.

- Коллекция музея-заповедника находится под угрозой расформирования: передача всей коллекции древнерусского (церковного) искусства в Церковный историко-археологический музей (ЦИАМ) Костромской епархии; передача светской части коллекции в музеи других регионов России.

Сотрудники музея в Обращении, направленном Губернатору Костромской области В.А.Шершунову требуют:

- Восстановить О.А. Рыжову в должности генерального директора музея-заповедника.

- Осуществить вывод музея-заповедника с территории Ипатьевского монастыря в соответствии с федеральным законодательством, а именно: предварительно предоставить для размещения музея равноценные помещения.

- Сохранить абсолютную цельность коллекции в соответствии с федеральным законодательством.