В 2004 г. Соловецкий музей-заповедник приступил к реализации новой Программы развития системы музейных экспозиций. Программой намечено создание в 2004-2010 гг. нескольких десятков новых экспозиций и выставок, которые придут на смену тем, которые создавались в 1970-1980-е годы.

В октябре 2004 г. завершен монтаж первых шести предусмотренных Программой новых экспозиций: "Соловки подземные археологические", "Мемориал утраченных памятников", "Соловецкая аудиотека", "Соловецкая мельница", "Монастырская тюрьма", "Соловецкая крепость". Каждая из этих экспозиций раскрывает и по-своему интерпретирует различные стороны уникального историко-культурного комплекса Соловецких островов. Делается это на основе результатов проведенных в последние годы научных исследований, с использованием современного музейного оборудования, новой осветительной, проекционной, компьютерной техники.

Экспозиция "Соловки подземные археологические" размещена в археологическом раскопе, расположенном под Новобратским келейным корпусом. На примере вскрытых раскопками археологических остатков древних строений она предъявляет ранее неизвестные этапы строительства и хозяйственной деятельности средневекового монастыря.

Экспозиция "Мемориал утраченных памятников", размещенная в подклетах Ризницы (памятник архитектуры XVII в.), воспроизводит образы не дошедших до наших дней храмов, культурных ландшафтов и инженерных сооружений.

В "Соловецкой аудиотеке" воссоздается исторический звуковой ландшафт Соловков. Наряду с колокольными звонами, здесь демонстрируется звучание древних текстов, технологических процессов, природных явлений.

Экспозиция "Соловецкая мельница" посвящена одному из наименее изученных памятников Соловецкого монастыря - древней водяной мельнице. Теперь посетители музея имеют возможность представить, каким образом работал мельничный механизм и понять принципы действия многогранной хозяйственной гидротехнической системы Соловков.

В "Соловецкой крепости" рассказывается история строительства этого памятника оборонного зодчества. Эффектная подсветка выявляет главные архитектурные достоинства выдающегося сооружения, а изобразительные материалы раскрывают секреты его собой прочности.

Весьма необычна экспозиция "Монастырская тюрьма", расположенная в 1 ярусе Сушила (памятник XVI в.). Информационное наполнение экспозиции предельно лаконично. Для усиления эмоционального воздействия самого памятника здесь используется специальное осветительное и звуковое оборудование. Эта экспозиция, как, впрочем, и все остальные, настраивает посетителя на чувственное восприятие, на личностное переживание и самостоятельный поиск ответов на сложные вопросы, которые ставит перед нашим поколением полная драматических событий история Соловецких островов.

Экспозиции созданы совместными усилиями сотрудников Соловецкого музея-заповедника и специалистов московских и санкт-петербургских организаций, в том числе Института археологии РАН, Российского института культурологии, Института новых технологий, Музея-заповедника "Московский Кремль", Государственного Русского Музея, Агентства Музейный Проект, Дизайнерского бюро "ИнтерСтиль", Инженерного центра "Раритет", Бюро "Архитектура света".

Новые экспозиции Соловецкого музея-заповедника примут своих первых посетителей уже нынешней зимой. Летом 2005 года работа по формированию новой экспозиционной системы музея будет продолжена.