Музей-памятник защитникам перевалов Кавказа стал местом преклонения перед самоотверженностью и доблестью советских воинов, героически сражавшихся в горах Кавказа и отдавших свои жизни во имя Победы. Музей был создан по инициативе Карачаево-Черкесской областной комсомольской организации. В сборе средств на его сооружение участвовала также молодежь Северного Кавказа и Закавказья.

Торжественное открытие музея-памятника состоялось 2 ноября 1968 г., в ознаменование 50-летия ленинского комсомола. Тогда же, останки неизвестных советских воинов, героически погибших при защите Клухорского, Марухского, Санчарского и других перевалов Кавказа, с воинскими почестями были похоронены в братской могиле рядом с музеем. В церемонии похорон и открытия музея-памятника участвовало более 20 тыс. человек.

В состав музейного комплекса входят здание музея, мемориал и братская могила. В настоящее время Музей-памятник является филиалом Карачаево-Черкесского историко-культурного и природного заповедника.