Французы двинулись в тыл австрийцев. Цель - охват армии Меласа и уничтожение всей австрийской армии.

2 июня Бонапарт вошёл в Милан и организовал свою базу для дальнейших действий в Италии.

Рассредоточение французской армии позволило обеспечить скрытность передвижения войск и внезапность их появления в тылу австрийцев. Но это давало французам не только преимущества: Бонапарт разбросал свои силы, уменьшив численность армии. Корпус Монсея отставал от главных сил, большая часть артиллерии находилась в горах. При такой разбросанности сил Бонапарт не мог сосредоточить силы в единый кулак. Мелас же, напротив, натыкаясь на французские аванпосты, сжимал свои части, стягивая их к Алессандрии, накапливая мощную ударную группу.

Всё это дало себе знать 10 июня при Монтебелло, где Ланн с 8.000 человек должен был противостоять 20.000-му корпусу Отта. Сражение закончилось победой французского оружия, но благодаря лишь блестящему военному таланту Ланна и бездарности Отта.

До 14 июня Бонапарт не имел точных сведений о расположении сил противника, поэтому за несколько часов до генерального сражения Бонапарт послал дивизионного генерала Дэзе по дороге к Нови - отрезать путь австрийцам. Корпус Лапуана следовал к Валеннце, а сам Бонапарт в Тортону. Таким образом, главные силы французов были ещё более ослаблены - всего 23.000 чел., Милас же имел 45.000 чел. и утром 14 июня атаковал корпус Виктора у Маренго. Завязалось упорное сражение. Большой урон понесли корпуса Виктора и Ланна. Боевой порядок французов состоял всего из одной линии, и к 10 часам они были охвачены с обоих флангов австрийцами и начали отступать. Могло показаться, что сражение проиграно.

К 8 часам утра Бонапарт узнал о начавшемся по инициативе противника сражении и сразу распорядился послать гонцов к Дэзе и корпусу Лапуана с приказом спешно возвращаться.

Сам же с консульской гвардией и дивизией Монье поспешил на поле битвы. Прискакав туда, он увидел свою армию в тяжёлом положении. Французы занимали позицию у ручья, которую яростно штурмовали австрийцы. Огонь австрийской артиллерии уносил жизни сотен солдат, более 2.000 всадников австрийцев прорвались через ручей, и бросились на французов, но были остановлены. Их атаковали 3 конных полка Келлермана, прогнали за ручей, а часть изрубили.

Но в это время генерал Отт обошёл французов с фланга. Австрийцы ворвались в Маренго.

Подоспевший Бонапарт ввёл в бой резервы. На правом фланге гвардия, построившись в каре, отражала многочисленные атаки австрийской конницы. За гвардией подошла дивизия Монье. Некоторое время французы сдерживали наступление врага, но переломить ситуацию не смогли. Через час австрийцы убедились, что французские резервы исчерпаны. Австрийская пехота и артиллерия резко усилили натиск. Левое крыло и центр французов стали отступать под прикрытием корпуса Ланна и гвардии. К 15 часам битва, по существу была проигранна. Поле боя осталось за австрийцами. Канонада начала стихать. Австрияки стали располагаться на обед и разжигать костры. Мелас послал в Вену курьера с донесением о победе. Сам же отправился в Алессандрию.

В этот последний момент подоспела дивизия Дэзе, в 6.000 солдат.

Второе сражение закипело по всему фронту. С ходу развернув дивизию в боевой порядок, Дэзе стремительно атаковал австрийский авангард, Бонапарт перегруппировал свои силы и восстановил свою линию. Вся французская армия перешла в контрнаступление. Кавалеристы Келлермана опрокинули австрийских драгун и врубились в ряды пехоты. Мармон объединил оставшиеся пушки и ударил картечью. Ланн атаковал австрийский центр, смял и отбросил его. Австрийцы поддались панике и обратились в бегство. К 17 часам вся австрийская армия отступила к реке Бромида, преследуемая французами.

Проигранная первоначально Бонапартом битва, превратилась в полную, сокрушительную победу. Поле боя перешло в руки французов. Австрийцы потеряли около 12.000 чел., 4.000 чел. пленными и 30 орудий. Французы лишились 7.000 чел. В самом начале своей бессмертной атаки погиб генерал Дэзе, один из самых талантливых военачальников Французской Республики. Армия Меласа была полностью окружена и не могла вырваться 15-го июня Мелас прислал парламентёров, прося о перемирии. План Бонапарта полностью осуществился. Сражение при Маренго сыграло колоссальную роль в международной обстановке и лично в карьере Наполеона. Он вернулся в Париж в ореоле славы.

А 3-го декабря 1800 года Рейнская армия генерала Моро разгромила у Гогенлиндена Дунайскую армию эрцгенцога Иоанна и двинулась на Вену. Эти два поражения заставили Австрию выйти из войны: 9-го февраля 1801 г. был заключён Люневилльский мир. К Франции отошли: Ломбардия, Пьемонт, вся Италия до реки Минчино. 25-го марта 1802 г. между Австрией и Францией был заключён Амьенский мир.

Победа одержанная Бонапартом, вскоре принесла ему титул Императора. Всю свою жизнь Наполеон хранил синий плащ, бывший на нём в день битвы при Маренго.