Аквариумная экспозиция состоит из 11 большеобъёмных аквариумов с уникальной системой водоснабжения и водообмена, осуществляющая забор воды с глубины 400 м. Основная задача Живой экспозиции - максимально приблизить условия содержания представителей фауны Байкала к природному биоценозу озера. В аквариумах содержится 20 видов рыб: лещ, щука, окунь, плотва, налим, сом, чешуйчатый карп, зеркальный карп, карась, омуль байкальский, хариус белый, хариус черный, ленок, осетр байкальский, 9 видов бычковых рыб и 5 видов ракообразных, 3 вида губок и 2 вида моллюсков. В двух отдельных объединенных аквариумах содержатся 2 нерпы, оборудована карантинная лаборатория с резервуарами для карантинного содержания рыб, ведется постоянное пополнение аквариумов живыми организмами.

Создается новая живая экспозиция - дендропарк на 4 га. Создаются коллекции редких, исчезающих и ценных растений Байкальского региона. Создан проект дендропарка, тропиночная сеть, смотровые площадки и мостики через ручей. Проводится уход за интродуцентами, подготовлен искусственный водоем для создания экспозиции водных растений Прибайкалья, пополнены коллекции живых растений, представляющих высокогорные, таёжные и степные ландшафты Прибайкалья.

Создана новая виртуальная экспозиция "Погружение на дно Байкала или Батискаф". Посетители заходят в имитацию подводной лодки, рассаживаются по местам и начинается виртуальное погружение на дно озера, от уреза воды, мелководий, до свала, вплоть до максимальной глубины Байкала. Создается полная иллюзия погружения. Голос диктора за кадром сообщает о набираемых глубинах, перед глазами, в иллюминаторах проплывают гаммарусы, омуль, голомянка и др. обитатели Байкала.

Создается новая экспозиция "Развитие жизни на фоне геологической эволюции". Разработана концепция этой экспозиции, взамен старой, изношенной, составлен тематико-экспозиционный план, составляются художественно-экспозиционные решения музейного пространства, готовятся картосхемы различных геологических периодов жизни Земли и байкальской рифтовой зоны. Проведены экспедиционные работы по оборудованию экспозиции артефактами.

Создается центр коллективного пользования - байкальская экспериментальная аквариумная установка для изучения жизненных циклов и адаптации байкальских организмов методами классической, молекулярной биологии и экотоксикологии. Разрабатывается новая экспозиция - удаленный мониторинг байкальских организмов в режиме реального времени с выведением видеоряда на большие экраны в залы Музея и создание видеоархива для дальнейшего анализа.